Pojavom i širenjem kršćanske vjere u prvim stoljećima poslije Isusa Krista na istočnoj obali Jadrana nastajala su crkvena, biskupska sjedišta. Jedno od tih zasigurno je bila i Krčka biskupija sa sjedištem u gradu Krku kojeg stari rimski natpis iz IV. st. naziva “splendidissima civitas Kuryktarum”. Grad Krk čuva više arheoloških svjedočanstava o ranoj prisutnosti kršćanstva, kao npr.: rudimentalni tragovi krčke katedrale iz druge polovine V. stoljeća, krsni zdenac i jedinstveni starokršćanski kapitel sa simbolima Euharistije.
Uz Krčku biskupiju na Kvarneru su stoljećima postojale i Osorska i Rapska biskupija koje su bulom pape Lava XII “Locum Beati Petri” (Mjesto blaženoga Petra) od 30. lipnja 1828. ukinute i pripojene Krčkoj biskupiji. Otada Krčka biskupija obuhvaća otoke: Krk, Rab, dio Paga, Cres, Lošinj, Ilovik (Sv. Petar), Susak, Unije, Velike i Male Srakane.
Prvi biskup teritorijalno proširene krčke biskupije bio je Krčanin Ivan Antun Sintić (1792 – 1837). Nakan njega slijedili su biskupi ovim redom: Vrbničanin Bartol Bozanić (1839 – 1854), Vrbničanin Ivan Josip Vitezić (1854 – 1877), Vrbničanin Franjo Anijan Feretić (1880 – 1893), Vološćanin Andrija Marija Sterk (1894 – 1896), Slovenac iz Kobdila kraj Gorice Antun Mahnić (1896 – 1920), Slovenac iz Solkana kraj Gorice Josip Srebrnić (1923 – 1966), Krčanin Karmelo Zazinović (1961 – 1989) i Vrbničanin Josip Bozanić (1989 – 1997), danas zagrebački nadbiskup-metropolita. Biskup u miru mons. Valter Župan, zaređen je za biskupa u krčkoj katedrali 15. ožujka 1998., a prvi je krčki biskup rodom s otoka Lošinja i deseti biskup ujedinjenih kvarnerskih biskupija. Sadašnji biskup ordinarij Ivica Petanjak OFMCap zaređen je 22. ožujka 2015.
Metropolitanska sjedišta Krčke (i bivše Osorske i Rapske) biskupije tijekom stoljeća bila su u Saloni-Solinu, kasnije u Splitu, Akvileji, Zadru, Gradu i Veneciji. Od 3. kolovoza 1830., bulom pape Pija VIII teritorijalno proširena Krčka biskupija postala je područnom biskupijom metropolije u Gorici, u čijem će sastavu ostati do poslije prvoga svjetskoga rata, tj. do novonastalih političkih prilika kad je nova državna granica podijelila teritorij kvarnerskih otoka.
Mirovnim ugovorom u Rapallu, 12. studenog 1920., područje bivše Osorske biskupije (Cres, Lošinj s okolnim otocima) pripalo je Kraljevini Italiji. Crkveno je to područje najprije došlo pod upravu novoosnovane Riječke biskupije, a zatim bulom pape Pija XI “Pastorale munus” (Pastirska služba) od 1. kolovoza 1932. bilo je pripojeno Zadarskoj nadbiskupiji.
S druge strane granice otok Krk s Rabom (uključivši i sjeverni dio Paga) pripao je novonastaloj Kraljevini SHS te je dekretom Sv. Stolice od 25. studenog 1933. Krčka biskupija bila izravno podređena Svetoj Stolici.
U travnju 1945. zapadno-kvarnerski su otoci pripali matici Hrvatskoj i Jugoslaviji, pa je Sveta Stolica koncem 1948. predala te otoke Krčkoj biskupiji – najprije na upravljanje, a zatim ih dekretom Konzistorijalne kongregacije od 6. siječnja 1963. definitivno njoj priključila.
Osnivanjem Riječke metropolije 27. srpnja 1969. godine Krčka je biskupija, zajedno s Porečkom i Pulskom, postala područnom biskupijom ove sjevernojadranske crkvene pokrajine kojoj i danas pripada.
Danas se Krčka biskupija prostire na 1.130 km2. Zaštitnik joj je sv. Kvirin, biskup sisački i mučenik iz IV. st., a suzaštitnici sv. Gaudencije, biskup osorski iz XI. st., i sv. Kristofor, starokršćanski mučenik.
Ova je otočka biskupija podijeljena u 6 dekanata (krčki, omišaljski, vrbnički, creski, lošinjski i rapski) te ima 51 župu.